Organisationens formål er ordets forkyndelse på dansk, folkekirkelig vis iblandt dem, som regner sig til det danske mindretal. Det biskoppelige tilsyn har biskoppen over Haderslev stift.

Den danske Menighed i Flensborg blev oprettet i maj 1921, fordi man efter afstemningen i 1920 ikke kunne blive enig med den tyske kirke om en ordning for de dansksindede. Hermed blev en længe ønsket mulighed for menighedsarbejde i Sydslesvig med ordets forkyndelse på dansk realiseret. Helt tilbage i 1542 havde den lutherske kirkeordning for hertugdømmerne nemlig forordnet tysk kirkesprog op til nærmest præcist det sted, hvor grænsen går i dag, selvom folkesproget dengang og lange tider derefter var dansk. Eneste officielle undtagelse var Helligåndskirken i Flensborg, hvor der blev prædiket på dansk siden 1588.

Fra børnesalmesang til ældreeftermiddage

Efter 1921 opstod en række danske prædikesteder i omegnen af Flensborg, men også i Slesvig og så langt væk som Ladelund og Tønning. Langt flere kom til, da mindretallet oplevede en enorm tilstrømning efter 1945. I 1959 blev menighedsarbejdet organiseret mere fast i Dansk Kirke i Sydslesvig. 1968-69 fik foreningen en aftale med den tyske landskirke om bl.a. sognekirkernes brug til danske gudstjenester. Forholdet til den tyske kirke var blevet bedre og må i dag betegnes som særdeles godt. I Flensborg omfatter det nære samarbejde alle kristne konfessioner.

I 14 egne kirkebygninger og rundt omkring i skole- og forsamlingshuskirker foregår der foruden gudstjenesterne med dåb, konfirmation, vielser og begravelser et stort kirkeligt arbejde med alt fra både børnesalmesang til ældreeftermiddage og fra koncerter til arrangementer for dagtilbudsbørn og skoleelever. Forholdet til Den Danske Folkekirke er nært og godt. Støtten har været enorm. Samtlige 22 præstestillinger er fx finansieret af Danmark, mens den øvrige daglige drift påhviler de lokale menigheder.